โรงเรียนสมานคุณวิทยาทาน  เป็นโรงเรียนราษฎร์ของวัด  ตั้งขึ้นตามระเบียบว่าด้วยโรงเรียนราษฎร์ของวัด พุทธศักราช ๒๔๘๘ มูลเดิม  นายประดิษฐ์  ดิษยะศริน  เจ้าของโรงเรียนหาดใหญ่วิทยา  ได้ขอล้มเลิกกิจการ เนื่องจากไม่สิ้นปีการศึกษาได้นำนักเรียนมาอาศัยเรียนศาลาการเปรียญวัดโคกสมานคุณ เพื่อให้นักเรียนสอบไล่เสร็จ  พระครูสมานคุณารักษ์ เจ้าอาวาส  พระมหากลิ่น ศรนรินทร์ ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  ได้ให้ความสำคัญการศึกษาและความลำบากที่นักเรียนจะต้องเดินทางไปเรียนที่จังหวัดสงขลา

จึงได้ยื่นเรื่องขอจัดตั้งโรงเรียนราษฎร์ของวัด ได้รับอนุญาตเมื่อวันที่ ๓ พฤศจิกายน ๒๔๙๐ รับเฉพาะนักเรียนชายและพระภิกษุสามเณร  โดยมีคณะกรรมการโรงเรียนตามที่กระทรวงศึกษาธิการกำหนด  มีพระครูสมานคุณารักษ์  เป็นเจ้าของ  พระมหากลิ่น  ศรนรินทร์ เป็นผู้จัดการ  นายอาภรณ์  สุทธกรณ์  เป็นครูใหญ่  เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ – ๖ รับนักเรียนชายและพระภิกษุสามเณรที่จบชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ อายุไม่ต่ำกว่า ๑๑ ปี และไม่เกิน ๓๐ ปี ปีแรกมีนักเรียน ๓๐ คน ครู ๓ คน

ปี พ.ศ.๒๔๙๓ ได้ก่อสร้างโรงเรียน ๑ หลัง  ๒ ชั้น ชั้นบนเป็นไม้  ชั้นล่างโล่ง  จำนวน ๑๐ ห้องเรียน ขณะที่กำลังก่อสร้างยังไม่แล้วเสร็จเกิดพายุพัดพังลงมาทั้งหลัง  พระมหากลิ่น ศรนรินทร์ ผู้จัดการโรงเรียนได้รายงานความเสียหายไปยังกระทรวงศึกษาธิการ  เพื่อขอความช่วยเหลือ  กระทรวงศึกษาธิการ  ได้อนุมัติจำนวน  ๒๐๐,๐๐๐ บาท (สองแสนบาทถ้วน) โดยก่อสร้างอาคารไม้สองชั้น ขนาด ๑๐ ห้องเรียน ตามแบบ ป.๔ และคุณพระเสน่หามนตรี อุบาสกวัดโคกสมานคุณ  บริจาคเงินเพิ่มอีก ๕๐,๐๐๐บาท (ห้าหมื่นบาทถ้วน) เปิดใช้อาคารเรียน เมื่อ พ.ศ.๒๔๙๕ (อาคาร ๑ ปัจจุบัน)

· ปี  พ.ศ.๒๕๐๒  นายเอียด  สุวรรณะ ได้รับบริจาคเงินสร้างอาคาร ๒ (ปัจจุบันรื้อถอน) จำนวน ๔ ห้องเรียน และโรงเรียนได้รับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล

· ปี  พ.ศ.๒๕๑๘  อนุญาตรับนักเรียนหญิง จัดเป็นสหศึกษา (เพราะภิกษุ สามเณรมีน้อย)

· ปี  พ.ศ.๒๕๑๘  แต่งตั้ง พระราชรัตนดิลก เป็นเจ้าของโรงเรียน เนื่องจากพระครูสมานคุณารักษ์มรณภาพ

· ปี  พ.ศ.๒๕๒๐  ได้รับอนุญาตรับนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑

· ปี  พ.ศ.๒๕๒๓  ได้รับการเปลี่ยนแปลงวันหยุดประจำสัปดาห์ จากวันพระและวันอาทิตย์มาเป็นวันเสาร์และวันอาทิตย์

· ปี  พ.ศ.๒๕๒๗  ได้แต่งตั้ง สิบโทคิน หนูสอน เป็นครูใหญ่ เนื่องจากนายอาภรณ์ สุทธกรณ์  ลาออกเนื่องจากสูงอายุ เพื่อพักผ่อน

· ปี  พ.ศ.๒๕๓๙  ได้รับอนุญาตให้ พระโสภณปริยัติยาภรณ์ เป็นผู้รับใบอนุญาต เนื่องจาก    พระเทพมุนีมรณภาพ

· ปี  พ.ศ.๒๕๓๙  ยกเลิกค่าธรรมเนียมการเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๖

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๐  ยกเลิกค่าธรรมเนียมการเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ – ๒

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๑  ยกเลิกค่าธรรมเนียมการเรียนชั้นประถมศึกษา – ชั้นมัธยมศึกษา

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๑  ได้แต่งตั้ง  นายชนินทร์ ศรีจันทร์ เป็นผู้จัดการโรงเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๖  ได้แต่งตั้ง  นายนภดล ชูพูล เป็นผู้จัดการโรงเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๖  ได้รับอนุญาตรับนักเรียนชั้นอนุบาล ๑ – มัธยมศึกษาปีที่ ๓                              

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๖  ได้แต่งตั้ง  นายพิพัตน์  เสนาพิทักษ์กุล  เป็นผู้จัดการ

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๗  ได้แต่งตั้ง  นายพิพัตน์  เสนาพิทักษ์กุล  เป็นผู้อำนวยการ

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๗  เปลี่ยนแปลงผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต จาก พระราชวีราภรณ์ เป็น พระเทพวีราภรณ์ เนื่องจากได้เลื่อนสมณศักดิ์

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๗  ได้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ๓๒๔ ล/๒๗ ของกรมสามัญศึกษา

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๘  ได้รับอนุญาตขยายความจุนักเรียนทั้งโรงเรียนไม่เกิน ๒,๒๒๖ คน จำนวน ๔๕ ห้องเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๔๘  ได้รับการประเมินจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์กรมหาชน) สมศ.นักเรียนและผู้บริหารในระดับดี

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๐  ได้รับอนุญาตขยายความจุนักเรียนทั้งโรงเรียนไม่เกิน ๒,๔๐๐ คน จำนวน ๔๙ ห้องเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๐  ได้แต่งตั้งผู้ช่วยครูใหญ่ จำนวน ๔ ท่าน

   ๑. นายบรรหาร  จีนนุกูล      เป็นผู้ช่วยครูใหญ่ฝ่ายปกครอง

   ๒. นางนิดา    สุทธกรณ์     เป็นผู้ช่วยครูใหญ่ฝ่ายวิชาการ

   ๓. นางอัญชลี   พวงสุวรรณ์   เป็นผู้ช่วยครูใหญ่ฝ่ายธุรการ – การเงินฝ่ายบริการและฝ่ายบุคลากร

   ๔. นายธนากร   ธนบัตร      เป็นผู้ช่วยครูใหญ่ฝ่ายกิจการนักเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๑  ได้รับอนุญาตใช้อักษร  ส.ค. (S.K.) เป็นอักษรย่อประจำโรงเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๑  ได้แต่งตั้งผู้บริหาร  ดังนี้

   ๑. นายบรรหาร  จีนนุกูล       ที่ปรึกษาผู้อำนวยการ

   ๒. นางนิดา    สุทธกรณ์      รองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ

   ๓. นางอัญชลี   พวงสุวรรณ์    รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารงานทั่วไปและฝ่ายบุคลากร

   ๔. นายธนากร   ธนบัตร       รองผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๒  ได้แต่งตั้งผู้บริหาร  ดังนี้

   ๑. นายบรรหาร  จีนนุกูล       ที่ปรึกษาผู้อำนวยการ

   ๒. นางนิดา    สุทธกรณ์      รองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ

   ๓. นางอัญชลี  พวงสุวรรณ์     รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารงานทั่วไปและฝ่ายบุคลากร

   ๔. นายธนากร  ธนบัตร        รองผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน

   ๕. นายทวียศ  ใหม่ทุ่ม        รองผู้อำนวยการฝ่ายอาคารสถานที่

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๒  ได้รับอนุญาตขยายความจุนักเรียนทั้งโรงเรียนไม่เกิน ๒,๔๐๐ คน จำนวน  ๕๔  ห้องเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๒  ได้ก่อสร้างอาคารห้องประกอบการ จำนวน ๑ หลังและหลังคาโค้งระหว่างอาคารพระราชรัตนดิลก ๘๗ ปี กับอาคารพระเทพวีราภรณ์

· ได้รับการประเมินจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา(องค์การมหาชน) สมศ.รอบสอง อยู่ในระดับดี

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๖  ได้รับอนุญาตขยายความจุนักเรียนทั้งโรงเรียน ๒,๘๘๕ คน จำนวน ๕๖  ห้องเรียน

· ปี  พ.ศ.๒๕๕๖  เปลี่ยนแปลงผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต จาก พระธรรมวงศาจารย์ เป็น พระศรีรัตนวิมล